在马达加斯加，狮子亚历克斯、斑马马蒂、长颈鹿艾利克斯和河马格洛丽亚意外地与企鹅帮脱离，被困在非洲野生动物保护区。为了寻找他们，四名纽约动物园的动物出发前往非洲，却意外造成了他们的逃跑。

他们穿越马达加斯加，经历了许多危险的冒险，最终来到位于巴黎的“企鹅帮”栖息地。在那里，他们发现企鹅们被坏人逼迫从事犯罪活动。为了拯救企鹅们并找到回家的路，他们与坏人展开了激烈的战斗。

最终，他们成功地打败了坏人，解救了被困的企鹅们。在经历了无数危险后，他们终于找到了回家的路。回到纽约动物园后，他们与家人团聚，过上了幸福快乐的生活。

这部电影的剧情充满了惊喜和悬念，让观众不断猜测下一步会发生什么。它是一部充满欢乐和感动的电影，让人们深刻认识到动物们的友情、勇气和冒险精神。